學劇場與電影卻長年投入電視工作，重視電視的社會溝通功能大於藝術表現。
民心工作室時期的作品是臺灣20世紀末溫馨家庭劇的代表；稻田工作室時期的作品不停探索各種議題，期待喚起觀眾對社會事務的關注。
2015年開始策畫《植劇場》系列，藉由多元類型劇種的嘗試和新生代演員的培育，希望為臺灣電視劇帶來革新的氣象與突破。

「善用鏡頭力量，就能實踐社會公義。」柯金源的作品除了記錄自然生態的脈動，也關注臺灣的產業政策、環境公害、氣候變遷。其作品內涵更深度探討人與環境的依存關係，或對焦於企業社會責任的實踐，與政府的環境保護政策。近三十幾年的媒體工作經歷，曾先後獲得或入圍國內外一百多項重要影展的獎項，包括四座電視金鐘獎、卓越新聞獎-新聞志業特殊貢獻獎、TIDF臺灣國際紀錄片影展-傑出貢獻獎、金鼎獎、國家文藝獎等。

晚近較具代表性作品為《11元的鐵道旅行》》、《十五顆小行星》、《男人的菜市場》，以及《四分之三的香港》，新近代表作《早安，自然選修課》。

現任東華大學華文文學系教授。有時寫作、畫圖、攝影、旅行、談論文學，副業是文學研究。

著有散文集《迷蝶誌》、《蝶道》、《家離水邊那麼近》、《浮光》；短篇小說集《本日公休》、《虎爺》、《天橋上的魔術師》、《苦雨之地》，長篇小說《睡眠的航線》、《複眼人》、《單車失竊記》，論文「以書寫解放自然系列」三冊。

作品譯為多國語言，曾入圍曼布克國際獎（Man Booker International Prize）、法國愛彌爾·吉美亞洲文學獎（Prix Émile Guimet de littérature asiatique），並獲法國島嶼文學獎小說獎（PRIX DU LIVRE INSULAIRE）、日本本屋大賞翻譯類第三名、《Time Out Beijing》「百年來最佳中文小說」、《亞洲週刊》年度十大中文小說、臺北國際書展小說大獎、臺灣文學獎圖書類長篇小說金典獎、金鼎獎年度最佳圖書，六度獲《中國時報》「開卷」年度十大好書，及多項年度選書。

電影作品有《3 橘之戀》、《人間喜劇》、《空中花園》、《穿牆人》，紀錄片有《台北波西米亞》、《夏夏的聯絡簿》、《有人只在快樂的時候跳舞》、《為了明天的歌唱》等。曾獲南特影展最佳導演獎、芝加哥影展國際影評人獎、金馬獎最佳原著劇本獎、吳三連文藝獎。台北詩歌節、桃園電影節、臺灣國際人權影展之策展人。現為「黑眼睛文化」及「黑眼睛跨劇團」藝術總監，並於國立台北藝術大學電影系兼任教職。

曾任公視「我們的島」「向大地震學習」「自然公園」，中視「大陸尋奇」製作人。參與公視「紀錄觀點」：「阿瑪斯」、「記憶珊瑚」、「烏坵．ROC」、「渡東沙」、「獼猴列傳」、「產房」、「天堂路」、「登峰造極」等紀錄片製作。為「森之歌」、「退潮」後製導演。歷年得獎或參展紀錄逾80件作品。

榮獲七座金鐘獎肯定，長期關懷人文民情及自然生態議題。近年代表作有《福島的驚歎》、《水水世界》、《獨舞》、《縮放真臺灣：終極英雄-超級任務狗》、《風中之翼-灰面鵟鷹》、《遠方來的故事》、《蝴蝶密碼》等多部重要作品，並獲得國內外重要影展入圍及獲獎殊榮。

攝影師出身，擅長運用鏡頭語言刻畫人物特色及情感，尤其以海洋及人物題材見長，作品曾三度入選新北市紀錄片徵件。2014年以《蹦火》獲得新北市紀錄片首獎殊榮。記錄新北市金山磺港瀕臨失傳的古老漁撈技藝「蹦火仔」。絢麗的海上作業畫面、細膩的人物刻畫，傳達老漁夫在時代洪流與現實中所面臨的矛盾。近年曾擔任國家地理頻道《綻放真臺灣系列》、《北回臺灣的滋味》共四集的分集導演及攝影師，並負責楊力州導演之院線紀錄長片《拔一條河》剪輯師工作。